양도소득세와 종합소득세 분쟁은 대부분 비과세·감면 요건을 갖췄는지, 취득가액과 필요경비를 인정받는지, 소득이 누구에게 귀속되는지를 두고 벌어집니다. 과세관청은 신고 내용을 부인하고 세액을 늘리는 경정처분을 하고, 납세자는 과세예고통지를 받은 날부터 30일, 고지서를 받은 날부터 90일 안에 불복해 다툽니다. 요건 판단은 사실관계 입증으로 결판나는 경우가 많아 당시의 계약서, 이체 내역, 거주 기록을 모으는 것이 먼저입니다.
양도소득세 분쟁의 쟁점
- 1세대 1주택 비과세: 세대 구성, 보유·거주 기간, 주택 수 판단
- 취득가액과 필요경비: 실거래가 입증, 자본적 지출 인정 여부
- 양도 시기와 취득 시기: 잔금 청산일과 등기접수일
- 부동산 매매업·주택신축판매업과의 구분: 사업소득인지 양도소득인지
- 특수관계인 사이의 저가양도에 대한 부당행위계산 부인
비과세 요건은 납세자가 입증해야 하는 경우가 많습니다. 전입신고만으로 실제 거주를 인정받지 못하기도 하고, 반대로 주민등록이 다른 곳에 있어도 공과금, 출퇴근 기록 등으로 실제 거주 사실을 입증해 비과세를 인정받기도 합니다.
부동산 세금 소송
부동산을 사고파는 과정의 세금은 양도소득세뿐 아니라 취득세, 종합부동산세, 증여세까지 얽힙니다. 국세인 양도소득세, 종합부동산세, 증여세는 국세기본법의 불복 절차를 따르고, 지방세인 취득세와 재산세는 지방세기본법이 정한 이의신청과 심판청구 절차를 따릅니다.
한 거래에서 여러 세목이 동시에 문제될 때는 어느 세목의 결론이 다른 세목에 영향을 주는지 먼저 정리하고 불복 순서를 정합니다.
종합소득세 분쟁의 쟁점
- 추계과세: 장부가 없거나 믿을 수 없다며 추계로 소득을 정한 경우의 요건과 방법
- 필요경비 부인: 증빙 없는 경비, 가사 관련 경비의 구분
- 소득 구분: 사업소득, 기타소득, 근로소득 가운데 무엇인지
- 소득 귀속: 명의대여 사업자와 실제 사업자, 공동사업 소득 분배
- 법인 소득처분에 따른 대표자 인정상여
법인이 세무조사를 받고 익금산입된 금액이 대표자 상여로 소득처분되면 대표자 개인의 종합소득세가 따로 부과됩니다(법인세법 제67조). 법인 단계의 소득처분을 다투지 않으면 개인 단계에서 뒤집기 어려워 두 절차를 함께 봐야 합니다.
소득세 불복 절차와 기한
| 단계 | 기한 | 근거 |
|---|---|---|
| 경정청구 | 법정신고기한 뒤 5년. 증액된 세액은 처분을 안 날부터 3개월 | 국세기본법 제45조의2 |
| 과세전적부심사 | 결과통지·과세예고통지를 받은 날부터 30일 | 제81조의15 |
| 이의신청·심사·심판청구 | 처분을 안 날부터 90일 | 제61조, 제66조, 제68조 |
| 행정소송 | 결정 통지를 받은 날부터 90일 | 제56조 |
양도세 불복이나 종합소득세 불복은 사실관계 입증이 중심이어서 심판청구 단계에서 증거를 충분히 내는 것이 중요합니다. 소송에서 새로 내는 증거보다 심판 단계부터 일관되게 낸 증거가 설득력이 큽니다.
양도소득세·종합소득세 자주 묻는 질문
양도소득세 비과세를 부인당했는데 다툴 수 있나요?
장부가 없다고 추계로 세금이 나왔습니다.
종합소득세 불복 기한은 언제까지인가요?
근거 법령: 국세기본법 제14조, 제45조의2, 제56조, 제61조, 제66조, 제68조, 제81조의15, 법인세법 제67조. 2026년 9월 18일 시행 법령 기준으로 작성했습니다. 이 페이지는 일반적인 법률 정보를 안내하기 위한 것으로 특정 사건에 대한 법률 자문이 아닙니다. 세법과 판례는 자주 바뀌므로 실제 대응은 처분서와 자료를 확인한 변호사와 상담한 뒤 정하시기 바랍니다.